Этот договор подвергался критике как в России, так и в США. В частности, в России многие заявляли, что переработка оружейного урана подрывает обороноспособность страны, а продажа низкообагащенного урана ведется по заниженным ценам.

В США, в то же самое время, жаловались на то, что обильные поставки дешевого ядерного топлива из России приводят к тому, что собственная ядерная промышленность практически не развивается. Американские эксперты также указывали на то, что по договору Штаты не получали право приобретать российский низкообогащенный уран, а обязывались это делать, что также привело к серьезному отставанию американской индустрии производства ядерного топлива.